在一項(xiàng)發(fā)表在Nature Biotechnology的高級(jí)在線論文中的研究中，TSRI科學(xué)家篩選了一個(gè)包含1億個(gè)抗體的文庫(kù)，發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)可以幫助將成熟的皮膚樣細(xì)胞重新編程為干細(xì)胞(稱為誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(IPSCs))。

    從更成熟類型的細(xì)胞制備IPSCs通常涉及將四種轉(zhuǎn)錄因子基因插入到那些細(xì)胞的DNA中。科學(xué)家鑒定的抗體可應(yīng)用于成熟細(xì)胞 - 它們與細(xì)胞表面的蛋白質(zhì)結(jié)合 - 作為三種標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄因子基因插入的替代物。

   研究高級(jí)作者，TSRI部門(mén)副教授Kristin Baldwin說(shuō)：“這一結(jié)果表明，最終我們可以制造出IPSCs，而不會(huì)在細(xì)胞核中放置任何東西，這可能意味著這些干細(xì)胞具有更少的突變和整體更好的特性。”神經(jīng)科學(xué)

  IPSCs可以由患者自己的細(xì)胞制成，并且在個(gè)性化細(xì)胞療法和器官再生中具有多種潛在用途。然而，IPSCs設(shè)想的臨床用途尚未實(shí)現(xiàn)，部分原因在于制造它們所涉及的風(fēng)險(xiǎn)。

  標(biāo)準(zhǔn)IPSC誘導(dǎo)程序，十年前開(kāi)發(fā)并稱為OSKM，涉及將四種轉(zhuǎn)錄因子蛋白的基因插入成體細(xì)胞：Oct4，Sox2，Klf4和c-Myc。隨著這些基因的添加和活性，它們編碼的轉(zhuǎn)錄因子蛋白被產(chǎn)生，并進(jìn)而重新編程細(xì)胞成為IPSCs。

  該方法的一個(gè)問(wèn)題是病毒插入事件或核重編程因子的過(guò)量產(chǎn)生可能以使細(xì)胞癌變的方式損傷細(xì)胞DNA。另一個(gè)原因是這種核重編程通常會(huì)產(chǎn)生一系列具有可變特性的IPSCs。“即使我們?cè)趯?shí)驗(yàn)室中使用IPSCs來(lái)研究疾病，這種可變性也是一個(gè)問(wèn)題，”Baldwin說(shuō)。

  相反，在普通動(dòng)物發(fā)育過(guò)程中，細(xì)胞特性被來(lái)自細(xì)胞外部的分子信號(hào)改變并誘導(dǎo)基因活性的改變，而沒(méi)有任何有風(fēng)險(xiǎn)的DNA插入。為了找到這樣的自然途徑 - 普通細(xì)胞可以轉(zhuǎn)化為IPSCs-Baldwin和她的實(shí)驗(yàn)室與Richard Lerner的TSRI實(shí)驗(yàn)室，Lita Annenberg Hazen免疫化學(xué)教授合作。Lerner幫助開(kāi)發(fā)和篩選大型人類抗體庫(kù)，以尋找新的抗體藥物和科學(xué)探針。

  在這種情況下，該團(tuán)隊(duì)，包括研究生Joel W. Blanchard和博士后研究員Jia Xie，他們是主要作者，建立了一個(gè)包含大約1億種不同抗體的文庫(kù)，并用它來(lái)尋找任何可以替代OSKM轉(zhuǎn)錄因子的抗體。

  在最初的一組實(shí)驗(yàn)中，研究人員試圖找出可以替代Sox2和c-Myc的抗體。他們建立了大量的小鼠成纖維細(xì)胞 - 通常用于在實(shí)驗(yàn)中制造IPSCs - 并插入其他兩種轉(zhuǎn)錄因子Oct4和Klf4的基因。接下來(lái)，他們將巨大的抗體基因庫(kù)添加到細(xì)胞群中，使得每個(gè)細(xì)胞最終含有一種或多種抗體的基因。

  然后，科學(xué)家們可以觀察到哪些細(xì)胞開(kāi)始形成干細(xì)胞集落 - 表明這些細(xì)胞產(chǎn)生的一種抗體已經(jīng)成功地取代了Sox2和c-Myc的功能并觸發(fā)了細(xì)胞身份的轉(zhuǎn)換。對(duì)這些細(xì)胞的DNA進(jìn)行測(cè)序使研究人員能夠確定負(fù)責(zé)的抗體。

  通過(guò)這種方式，TSRI團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)了兩種可以替代Sox2和c-Myc的抗體，并且在一組類似的測(cè)試中，他們發(fā)現(xiàn)了兩種可以替代第三種轉(zhuǎn)錄因子Oct4的抗體。科學(xué)家表明，他們可以簡(jiǎn)單地將抗體提供給培養(yǎng)的成纖維細(xì)胞，而不是插入這些轉(zhuǎn)錄因子基因。

   在這項(xiàng)初步研究中，科學(xué)家們無(wú)法找到替代第四種OSKM轉(zhuǎn)錄因子Klf4功能的抗體。然而，Baldwin預(yù)計(jì)，通過(guò)更廣泛的篩查，她和她的同事最終也會(huì)找到Klf4的抗體替代品。“我認(rèn)為那個(gè)會(huì)花費(fèi)我們幾年時(shí)間來(lái)弄明白，”她說(shuō)。

 原則上，抗體篩選方法不僅可以讓科學(xué)家找到可以替代OSKM轉(zhuǎn)錄因子的抗體，而且還可以研究這些抗體起作用的天然信號(hào)通路。

 在這個(gè)原理的證明中，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)其中一個(gè)替代Sox2的抗體與細(xì)胞膜上的蛋白質(zhì)Basp1結(jié)合。這種結(jié)合事件阻斷了Basp1的正常活動(dòng)，從而消除了WT1的限制，WT1是一種在細(xì)胞核中起作用的轉(zhuǎn)錄因子蛋白。然后釋放WT1，然后改變多個(gè)基因的活性，最終包括Sox2，以使用與使用原始重編程因子時(shí)不同的事件順序來(lái)促進(jìn)干細(xì)胞狀態(tài)。

  WT1(Wilms腫瘤1)在一些癌癥中過(guò)量產(chǎn)生并且被認(rèn)為是致癌基因。這一事實(shí)凸顯了此類研究的附加價(jià)值：幫助科學(xué)家了解癌細(xì)胞發(fā)育與干細(xì)胞狀態(tài)之間的關(guān)系。

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